La idea de todo esto es hacer que el desarrollo de nuestros proyectos sea más fluido y más controlado, para esto, no solo debemos contar con los servidores adecuados, sino que también los desarrolladores deben contar con las herramientas adecuadas para utilizarlos. Por eso, y dado que Eclipse es uno de los IDEs más utilizados a nivel empresarial, vamos a montar nuestras herramientas sobre él. En Netbeans y otros IDEs imagino será algo parecido.
Yo voy a instalar los plugins de una forma más manual, por así decirlo, la otra forma de hacer es a través del MarketPlace que incorporan las últimas versiones de Eclipse. Podéis hacerlo de la forma que más os guste, el resultado debería ser el mismo. Los plugins que vamos a instalar son:

• Maven: m2e
• Git: EGit

Para la instalación de ambos plugins de la forma más manual, bastará ir a  “Ayuda -> Instalar nuevo software” y añadir las direcciones de cada uno de ellos.
m2e: http://download.eclipse.org/technology/m2e/releases
EGit: http://download.eclipse.org/egit/updates
Con esto deberíais tener instalados en vuestro IDE ambos plugins.
En el caso de m2e, te instala una versión de maven embebida en Eclipse, personalmente, a mi no me termina de convencer, más que porque no sea útil, porque no puedes acceder a ella desde la consola (a veces necesario según el entorno de trabajo) y porque trabajar sobre un mismo proyecto con la versión embebida y con la versión de consola a veces de algunos conflicto. Por todo esto, lo último que haremos para configurar nuestra herramienta de desarrollo es instalar Maven en nuestro sistema si no lo tenemos:
sudo aptitude install maven
Y configurarlo en Eclipse yendo a “Preferencias -> Maven”, configurando el ejecutable externo y asignándolo como default.